Urodzony w Pradze w 1948 r., Halík spędził dzieciństwo pośród nocy stalinizmu. Nawrócił się na chrześcijaństwo w czasach prześladowań komunistycznych, ukończył zabronione studia teologiczne i potajemnie przyjął święcenia kapłańskie we wschodnich Niemczech. Równolegle z pracą psychoterapeuty łączył działalność w podziemnym Kościele towarzysząc kardynałowi Františkowi Tomáškowi i Václavowi Havlowi.
Świadek Praskiej Wiosny i ofiary Jana Palacha, okupacji Czechosłowacji i aksamitnej rewolucji. Historyczne tło trudnego przejścia Czechosłowacji od totalitarnego reżimu komunistycznego do demokracji to również tło kształtowania się jego poglądów - otwarcia na dialog międzywyznaniowy i międzykulturowy opartego na uniwersalnych wartościach humanistycznych
